MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Borrelia hermsii DAH clone fragment 1047R

Total Repeats: 196

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NT_187141	A	7	7	1375	1381	100 %	0 %	0 %	0 %	426202351
2	NT_187141	AAT	2	6	1401	1406	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202351
3	NT_187141	TAA	2	6	1407	1412	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202351
4	NT_187141	ATG	3	9	1429	1437	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202351
5	NT_187141	GTT	2	6	1441	1446	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	426202351
6	NT_187141	ACA	2	6	1464	1469	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	426202351
7	NT_187141	AGC	3	9	1497	1505	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202351
8	NT_187141	AGG	2	6	1509	1514	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	426202351
9	NT_187141	AAG	2	6	1515	1520	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202351
10	NT_187141	GTAG	2	8	1543	1550	25 %	25 %	50 %	0 %	426202351
11	NT_187141	AGTT	2	8	1583	1590	25 %	50 %	25 %	0 %	426202351
12	NT_187141	AAAG	2	8	1626	1633	75 %	0 %	25 %	0 %	426202351
13	NT_187141	AGG	2	6	1641	1646	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	426202351
14	NT_187141	AGA	2	6	1686	1691	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202351
15	NT_187141	A	6	6	1707	1712	100 %	0 %	0 %	0 %	426202351
16	NT_187141	ACT	2	6	1783	1788	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202351
17	NT_187141	TGC	2	6	1866	1871	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202351
18	NT_187141	AGCAAA	2	12	1875	1886	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	426202351
19	NT_187141	A	7	7	1899	1905	100 %	0 %	0 %	0 %	426202351
20	NT_187141	CAG	2	6	1979	1984	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202351
21	NT_187141	ATAA	2	8	1990	1997	75 %	25 %	0 %	0 %	426202351
22	NT_187141	ATA	2	6	2003	2008	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202351
23	NT_187141	GAA	2	6	2098	2103	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202351
24	NT_187141	AAG	2	6	2129	2134	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202351
25	NT_187141	AGA	2	6	2154	2159	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202351
26	NT_187141	G	6	6	2197	2202	0 %	0 %	100 %	0 %	426202351
27	NT_187141	AGC	3	9	2235	2243	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202351
28	NT_187141	AGG	2	6	2250	2255	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	426202351
29	NT_187141	ATA	2	6	2300	2305	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202351
30	NT_187141	ATGACA	2	12	2306	2317	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	426202351
31	NT_187141	CAA	2	6	2345	2350	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	426202351
32	NT_187141	AGA	2	6	2370	2375	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202351
33	NT_187141	AAG	2	6	2383	2388	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202351
34	NT_187141	A	6	6	2420	2425	100 %	0 %	0 %	0 %	426202351
35	NT_187141	TAA	2	6	2461	2466	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202351
36	NT_187141	GCT	2	6	2574	2579	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202352
37	NT_187141	TTA	2	6	2608	2613	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202352
38	NT_187141	AT	3	6	2635	2640	50 %	50 %	0 %	0 %	426202352
39	NT_187141	AAAGT	2	10	2707	2716	60 %	20 %	20 %	0 %	426202352
40	NT_187141	ACT	2	6	2754	2759	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202352
41	NT_187141	AAATA	2	10	2783	2792	80 %	20 %	0 %	0 %	426202352
42	NT_187141	A	6	6	2801	2806	100 %	0 %	0 %	0 %	426202352
43	NT_187141	AGC	2	6	2814	2819	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202352
44	NT_187141	AAC	2	6	2869	2874	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	426202352
45	NT_187141	CTAA	2	8	2886	2893	50 %	25 %	0 %	25 %	426202352
46	NT_187141	AAG	2	6	2911	2916	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202352
47	NT_187141	ATGCTG	2	12	2941	2952	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	426202352
48	NT_187141	TGC	2	6	2960	2965	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202352
49	NT_187141	TAT	2	6	3008	3013	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202352
50	NT_187141	TGC	3	9	3074	3082	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202352
51	NT_187141	TAC	2	6	3083	3088	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202352
52	NT_187141	CTG	2	6	3097	3102	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202352
53	NT_187141	TGC	3	9	3125	3133	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202352
54	NT_187141	TGAT	2	8	3187	3194	25 %	50 %	25 %	0 %	426202352
55	NT_187141	CAA	3	9	3239	3247	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	426202352
56	NT_187141	GCT	2	6	3270	3275	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202352
57	NT_187141	CTAATG	2	12	3277	3288	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	426202352
58	NT_187141	CTG	3	9	3289	3297	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202352
59	NT_187141	AAC	2	6	3300	3305	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	426202352
60	NT_187141	TAG	2	6	3328	3333	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202352
61	NT_187141	AGG	2	6	3362	3367	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	426202352
62	NT_187141	TGC	2	6	3383	3388	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202352
63	NT_187141	AGC	3	9	3407	3415	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202352
64	NT_187141	AGTA	2	8	3470	3477	50 %	25 %	25 %	0 %	426202352
65	NT_187141	AGATA	2	10	3485	3494	60 %	20 %	20 %	0 %	426202352
66	NT_187141	TAA	2	6	3575	3580	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202352
67	NT_187141	ATC	2	6	3581	3586	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202352
68	NT_187141	AAG	2	6	9161	9166	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202353
69	NT_187141	ATG	2	6	9269	9274	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202353
70	NT_187141	TGAG	2	8	9326	9333	25 %	25 %	50 %	0 %	426202353
71	NT_187141	TCT	2	6	9463	9468	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	426202353
72	NT_187141	TCA	2	6	9469	9474	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202353
73	NT_187141	GAG	2	6	9529	9534	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	426202353
74	NT_187141	A	6	6	9541	9546	100 %	0 %	0 %	0 %	426202353
75	NT_187141	ACC	2	6	9560	9565	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	426202353
76	NT_187141	AAG	2	6	9635	9640	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202353
77	NT_187141	ATA	2	6	9656	9661	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202353
78	NT_187141	ATG	2	6	9736	9741	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202353
79	NT_187141	AGA	2	6	9757	9762	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202353
80	NT_187141	CAG	2	6	9806	9811	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202353
81	NT_187141	AAG	2	6	9833	9838	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202353
82	NT_187141	ATT	2	6	11924	11929	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202354
83	NT_187141	TTA	2	6	11932	11937	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202354
84	NT_187141	GAA	2	6	11945	11950	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202354
85	NT_187141	AT	3	6	12012	12017	50 %	50 %	0 %	0 %	426202354
86	NT_187141	AGAT	2	8	12072	12079	50 %	25 %	25 %	0 %	426202354
87	NT_187141	AGAT	2	8	12105	12112	50 %	25 %	25 %	0 %	426202354
88	NT_187141	TGA	2	6	12139	12144	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202354
89	NT_187141	TTGA	2	8	12197	12204	25 %	50 %	25 %	0 %	426202354
90	NT_187141	GTT	2	6	12248	12253	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	426202354
91	NT_187141	TGC	2	6	12262	12267	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202354
92	NT_187141	ATT	2	6	12286	12291	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202354
93	NT_187141	TAG	2	6	12323	12328	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202354
94	NT_187141	TGA	2	6	12435	12440	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202355
95	NT_187141	A	6	6	12446	12451	100 %	0 %	0 %	0 %	426202355
96	NT_187141	A	6	6	12463	12468	100 %	0 %	0 %	0 %	426202355
97	NT_187141	T	6	6	12518	12523	0 %	100 %	0 %	0 %	426202355
98	NT_187141	CT	3	6	12552	12557	0 %	50 %	0 %	50 %	426202355
99	NT_187141	ATT	2	6	12682	12687	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202355
100	NT_187141	GGA	2	6	12721	12726	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	426202355
101	NT_187141	GC	3	6	12749	12754	0 %	0 %	50 %	50 %	426202355
102	NT_187141	AG	4	8	12757	12764	50 %	0 %	50 %	0 %	426202355
103	NT_187141	A	7	7	12894	12900	100 %	0 %	0 %	0 %	426202356
104	NT_187141	TAGT	2	8	12970	12977	25 %	50 %	25 %	0 %	426202356
105	NT_187141	TTAAGA	2	12	12985	12996	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	426202356
106	NT_187141	ATA	2	6	12997	13002	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202356
107	NT_187141	GA	3	6	13079	13084	50 %	0 %	50 %	0 %	426202356
108	NT_187141	TTTA	2	8	13115	13122	25 %	75 %	0 %	0 %	426202356
109	NT_187141	ACA	2	6	13188	13193	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	426202356
110	NT_187141	ATA	2	6	13201	13206	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202356
111	NT_187141	GTT	2	6	13245	13250	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	426202356
112	NT_187141	GAT	2	6	13260	13265	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202356
113	NT_187141	ATT	3	9	13292	13300	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202356
114	NT_187141	TGTC	3	12	13303	13314	0 %	50 %	25 %	25 %	426202356
115	NT_187141	AT	3	6	13318	13323	50 %	50 %	0 %	0 %	426202356
116	NT_187141	TTA	2	6	13383	13388	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202356
117	NT_187141	AAG	2	6	13409	13414	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202356
118	NT_187141	A	6	6	13464	13469	100 %	0 %	0 %	0 %	426202356
119	NT_187141	TGA	2	6	13484	13489	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202356
120	NT_187141	AGA	2	6	13517	13522	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202356
121	NT_187141	AAGA	2	8	13557	13564	75 %	0 %	25 %	0 %	426202356
122	NT_187141	TTA	2	6	13577	13582	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202356
123	NT_187141	ATT	2	6	13594	13599	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202356
124	NT_187141	TGA	2	6	13661	13666	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202356
125	NT_187141	AT	3	6	14603	14608	50 %	50 %	0 %	0 %	426202357
126	NT_187141	ATAA	2	8	14620	14627	75 %	25 %	0 %	0 %	426202357
127	NT_187141	AGA	2	6	14646	14651	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202357
128	NT_187141	CTT	2	6	14689	14694	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	426202357
129	NT_187141	ATTCAA	2	12	14719	14730	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	426202357
130	NT_187141	AAG	2	6	14750	14755	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202357
131	NT_187141	TAT	2	6	14775	14780	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202357
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133	NT_187141	A	8	8	14817	14824	100 %	0 %	0 %	0 %	426202357
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.